A eliminação dos resíduos resultantes da recolha de amostras e dos equipamentos de proteção individual para a realização dos TRAg, deve obedecer à legislação em vigor respeitante à gestão e tratamento de resíduos hospitalares perigosos.
De acordo com este requisito legal, o produtor inicial dos resíduos (neste caso, a farmácia) é o responsável pela sua gestão, podendo assegurar o tratamento dos resíduos recorrendo a uma entidade licenciada que execute operações de recolha ou tratamento de resíduos.